Eu poderia enumerar alguns vilões realmente interessantes do universo dos animes, começando por este aqui:

Você pode discordar da colocação, mas para mim Raito (Death Note) é o verdadeiro vilão de Death Note. O fato de ele ser o protagonista não muda isso.
Trata-se de um psicopata narcisista de alto QI com um caderno que permite que ele assassine pessoas sem qualquer represália. Mas, para ele, suas ações são benevolentes.
Freeza (Dragon Ball Z) é o Darth Vader dos animes.
Ele é maligno pelo simples fato de que pode. Ele é muito mais poderoso que os demais personagens da saga. Não precisamos de camadas para compreender Freeza, pois ele tem a licença poética que apenas os pioneiros possuem.

Shishio (Samurai X), por outro lado, é um tanto mais complexo.
Ele tem objetivos, razões e convicções políticas. Você quase dá razão a ele, na verdade.

À primeira vista, você pode pensar que Toguro (Yu Yu Hakusho) é apenas um monte de músculos. Seu objetivo principal é simplesmente encontrar caras fortes para sair na mão. Parece clichê, não é mesmo? Errado.
Esse é um personagem com personalidade única. Ele tem seu próprio senso de justiça e nos traz alguns momentos realmente reflexivos quando entra em cena.

E esse sujeito aqui?
Doflamingo (One Piece) é calculista e dominador. Um homem com cicatrizes que justificam seu posicionamento dentro da obra.

Fala sério, esse é o real vilão de uma de nossas sagas favoritas!
Orochimaru (Naruto) é repugnante. Só isso já bastaria para colocá-lo na lista, mas há muito mais profundidade no personagem. O cientista não deseja apenas poder, mas o desenvolvimento a qualquer custo do mundo shinobi.

Aqui temos o perfeito casamento entre poder e inocência.
Meruem (Hunter x Hunter) nos traz um conceito diferente de vilão, mas que gera alguns pensamentos realmente interessantes.

Calculista, Aizen (Bleach) é o tipo de pessoa que você gostaria de ter como aliado. Mesmo sem gostar dele. Você pode ler mais a respeito na resposta do Lucas Anderson a essa mesma pergunta.
Todos os vilões aqui citados são realmente interessantes.
Porém, é preciso escolher um vencedor e aqui está ele:

Este é Johan (Monster).
Esqueça todos os animes de pancadaria e super poderes. Essa obra-prima da cultura japonesa é um drama psicológico altamente complexo.
Johan é serial killer sobre o qual pouco sabemos, e é exatamente por isso que o tememos tanto. Munido apenas de um poder de persuasão absurdo, ele é capaz de transmitir os sentimentos mais sombrios da mente humana.
Por conta de sua natureza ao mesmo tempo acolhedora e apavorante, ele é o campeão dessa lista.